昭和63年に青函トンネルの開業に伴い役目を終え、その功績を讃え函館駅裏に摩周丸を係留し記念館として公開している。船内には船長が指揮を執った操舵室・無線室を現役そのままに再現した操舵室・無線室や青函連絡船の就航時に使用され、長い歴史を伝える珍しい資料などを展示する青函連絡船のあゆみコーナーのほか、大きな船の構造が模型や映像で手に取るようにわかる船のしくみ展示室や函館港と函館山を一望できるシーサイドサロンなどが設けられている。