昭和29年(1954)に開催された北洋博覧会。翌年6月にその物産館の建物を利用して市立博物館五稜郭分館として開館。
当初は歴史と自然関係資料を展示していたが、現在は箱館奉行所の模型や屋根の鬼瓦、設計変更を重ねていく過程を示す資料も興味深く、また榎本武揚や土方歳三の写真、戦争の様子を描いた絵画など、戊辰戦争最後の戦いなった箱館戦争に関する資料を展示しし、年に一度特別展も開催している。