安政6年フランス人宣教師が仮聖堂を建てたのが前身。荘厳なゴシック建築のローマカトリック教会で、現在の建物は大正13年に建築されたものである。函館ハリストス正教会のすぐ下に建つローマカトリックの教会で、格調高いゴシック様式の建物。

安政六年（１８５９年）十一月、パリ外国宣教師、メルメ・デ・カッション(Mermet de Cashon) が函館に来た。

彼は奉行の世話で地所が手に入ったので、そこに居宅を設け、病人を世話したり、フランス語を教えるなどの活動をし始めた。ほどなくメルメ神父について「温和で、快活で、偉い学者だ」という評判が市中に高くなり、我も我もと師の宅におしかける。仏僧までが、毎週一回お決まりのヤソ退治の説教をやらかしながら、時には師のところへ出かけてぶどう酒のごちそうに与ると言うほどであった。このようにメルメ神父は、広く門戸を開放して、各方面に交際の手を広げていく一方、熱心に日本語を研究し、英仏和辞典を編集し、新たに日本へ来る宣教師たちのために会話の本も作った。さらに、アイヌ語の小事典にまで手をつけ、アイヌ部落を探検するなどして、素晴らしい活動を見せた。（「北日本カトリック教会史」より）

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